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    SNPs檢測(cè)方法
    更新時(shí)間:2011-03-08   點(diǎn)擊次數(shù):4039次

    SNPs檢測(cè)方法

    定義

    單核苷酸多態(tài)性( single nucleotide olymorphisms ,SNPs),主要是指在基因組水平上由單個(gè)核苷酸的變異所引起的DNA 序列多態(tài)性。

    SNPs的研究意義

    遺傳標(biāo)記

    具有已知性、可遺傳性、可檢測(cè)性,用于疾病基因的定位、克隆和鑒定。

    基因多態(tài)與疾病相關(guān)性

    研究SNPs 本身對(duì)機(jī)體的影響,尤其是疾病的易感性、個(gè)性化醫(yī)療。

    SNPs檢測(cè)方法的分類(lèi)

    1、測(cè)序方法:常規(guī)測(cè)序, Pyrosequencing(焦磷酸測(cè)序),微測(cè)序(SNaPshot)

    2、基于雜交的方法:Taqman 探針?lè)ǎ琈icroarray 芯片法,

    3、引物延伸:MALDI-Tof,dHPLC(變性液相色譜技術(shù))

    4、以構(gòu)象為基礎(chǔ)的方法:RFLP,SSCP,DGGE

    5、溶解曲線:HRM(高分辨率溶解曲線分析技術(shù))

    溶解曲線

    1、溶解曲線----HRM技術(shù)

    步驟:

    序列比對(duì)---引物設(shè)計(jì)--- DNA 提取---熒光染料(EvaGreen 或LC green)PCR ---結(jié)果分析。

    優(yōu)點(diǎn):

    高通量、簡(jiǎn)單、快速、省錢(qián)、高靈敏度;

    閉管檢測(cè),避免污染造成的假陽(yáng)性;

    可檢測(cè)已知和未知SNP;<400bp擴(kuò)增產(chǎn)物內(nèi)SNP,靈敏度和度100%。

    與傳統(tǒng)的擴(kuò)增后需借助額外的儀器進(jìn)行凝膠電泳的非均一性的突變檢測(cè)(例如dHPLC)相比,HRM提供了更高特異性和靈敏度的檢測(cè),同時(shí)允許了更高的樣本檢測(cè)通量,大大降低了成本。

    缺點(diǎn):

    如LightCyclerTM 480 PCR 儀,或LightScanner 等少量?jī)x器可以使用。專(zhuān)業(yè)技術(shù)要求高,需要專(zhuān)業(yè)人員操作。

    HRM檢測(cè)成本構(gòu)成:

     DNA提取費(fèi)用;

     PCR反應(yīng)費(fèi)用;

     熒光染料Evagreen費(fèi)用(較低)。

    HRM檢測(cè)SNP特點(diǎn):

    檢測(cè)成本zui低;

    *真正實(shí)現(xiàn)高通量的SNP檢測(cè)方法,人工成本zui低;

    *閉管操作,步驟zui少,可靠性*

     

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